长治医学院创建于1946年，其前身可追溯至晋冀鲁豫军区白求恩国际和平医院总院护士学校。历经数次演变与更名，于1948年改建为白求恩国际和平医科专门学校，随后在1950年7月更名为山西省立长治医科专门学校。1958年，更名为晋东南医学专科学校，并在1986年升格为本科院校。

学校后勤部门自1958年至2000年，其正式名称为长治医学院总务处。进入2000年后，根据长医院办字（2000）第1号、长医党字（2000）第3号、长医党字（2000）第9号、长医政字（2000）第19号及长医后字（2002）第1号等文件精神，学院于2000年9月对原总务处进行了机构调整与改革。

调整后的后勤部门包括：

1. 后勤管理处（甲方），该部门代表学院对后勤部门的工作进行规划、协调、检查与管理。

2. 后勤经济实体（乙方），由学院本部及两个附属医院的后勤服务单位重新整合而成，实行企业化运作，自主经营，独立核算，自负盈亏。其原名为后勤集团公司，后在2002年5月更名为后勤服务集团。

3. 后勤服务集团下设10个科室及产业开发中心等部门。

此架构持续运行至2013年2月，学院决定将后勤管理处与后勤服务集团合并为后勤保障处，并下设5个科室。至2023年12月，该部门正式更名为后勤保障部，并持续至今。